Enäjärven keskimääräiseksi pinnankorkeudeksi on mainittu peruskartoissa 57,50 m N60-järjestelmässä. Suomusjärven kunnan toimesta on vuodesta 1977 lähtien havainnoitu Enäjärven veden pinnankorkeutta Uitsalmen sillan virtapilarissa olevalta vedenkorkeusasteikolta. Tämän asteikon nollataso N43+57,00 m.

Vedenkorkeushavainnot eivät ole olleet säännöllisiä, vaan ne ovat ajoittuneet 1970-1980 luvuilla pääasiassa matalien ja korkeiden vedenkorkeuksien aikaan. 1990-luvun puolivälistä lähtien havaintoja on tehty säännöllisesti kaksi kertaa kuukaudessa läpi vuoden.

vedenkorkeus 1995 2015
Oheisesta taulukosta voidaan todeta, että Enäjärven pinta on ollut keskimäärin tasolla +37,2 cm. Korkein havainto, +92 cm, on vuoden 2005 tammikuulta. Alimmillaan Enäjärven vedenpinta on ollut vuonna 2003 loka-marraskuussa (-1 cm).

Enäjärven vedenpinta on vaihdellut vuosittain keskimäärin 53,1 cm. Suurin vaih­telu (85 cm) on ollut vuonna 1999 ja pienin vaihtelu, 19 cm, vuonna 1987. Järven vedenkorkeuden trendi on lähes vaakasuora (kulmakerroin -0,0028), eli pinnan­korkeudella ei ole lähes kolmenkymmenen vuoden aikana ja yli viidensadan havaintoarvon perusteella selvää kehityssuuntaa.

Vedenpinta on käynyt vuosina 1980, 1983, 1984, 1989, 1990, 1995 ja 1999 yli tason +80 cm. Näinkään korkeat vedet eivät ole herättäneet ranta-asujamiston keskuudessa tarvetta alentaa Enäjärven veden pintaa eikä minkäänlaisia vahinkoja liene aiheutunut.

Enäjärven vedenpinta on ollut alimmillaan (alle tason +10 cm) vuosina 1982, 1983, 1989, 1990, 1992, 1999 ja erittäin alhaalla vuosina 2002 ja 2003. Alhaisen vedenpinnan yhteyteen on liittynyt usein voimakas vedenpinnan vaih­telu vuoden sisällä, paitsi vuonna 2003, jolloin vesi pysyi runsaslumisesta talvesta huolimatta alhaalla koko vuoden.

Pitkään jatkunut ja varsinkin kesäaikana ilmenevä veden pinnan alhaisuus on jo pitkään puhuttanut Enäjärven virkistys­käyttäjiä ja on toivottu toimenpiteitä alimpien vedenpintojen nostamiseksi.

Salon Seudun Kehittämiskeskuksen Uudenmaan ympäristökeskukselta tilaama Enäjärven pohjapadon yleisselvitys osana Kiskonjoen vesistön kunnostusprojektia on näiden havaintojen perusteella järkevä hanke. Myös sekä Uudenmaan että Lounais-Suomen ympäristökeskukset pitävät pohjapatosuunnitelmaa toteuttamiskelpoisena hankkeena, mutta se vaatii ympäristölupaviraston luvan ja täydellisemmän hankesuunnitelman.